Przejdź do zawartości
27 maja 2026
Podatki

Przewlekłość postępowania podatkowego a odsetki za zwłokę

Przewlekłe postępowanie podatkowe oznacza dla podatnika nie tylko długotrwałą niepewność co do wyniku sprawy, lecz także realne ryzyko finansowe związane z narastającymi odsetkami za zwłokę.

W bardziej skomplikowanych sprawach spór z organem może trwać latami. W tym czasie podatnik angażuje zasoby w obsługę postępowania, odpowiada na wezwania, kompletuje dokumenty, uczestniczy w czynnościach dowodowych, a jednocześnie musi liczyć się z tym, że w przypadku niekorzystnego zakończenia sprawy organ zażąda nie tylko zapłaty samego podatku, lecz także znacznej kwoty odsetek.

Problem staje się szczególnie dotkliwy wtedy, gdy długość postępowania nie wynika z działań podatnika, lecz z opieszałości organu podatkowego. W praktyce zdarza się, że po kilku latach trwania postępowania podatnik otrzymuje decyzję określającą zaległość podatkową, a następnie musi rozliczyć również odsetki za zwłokę, których wysokość wynika nie tyle z jego działań, ile z długości postępowania prowadzonego przez organ.

Powstaje wówczas zasadne pytanie, czy podatnik powinien ponosić finansowe konsekwencje przewlekłego sposobu prowadzenia postępowania przez organ podatkowy. Odpowiedź nie zawsze jest oczywista, ponieważ samo powstanie zaległości podatkowej nie przesądza jeszcze o tym, że odsetki za zwłokę są należne w pełnej wysokości wskazanej przez organ.

Podatek może być należny, ale odsetki wymagają odrębnej weryfikacji

Zasadą jest, że od zaległości podatkowych naliczane są odsetki za zwłokę, a ich bieg rozpoczyna się od dnia następującego po dniu upływu terminu płatności podatku. Nie oznacza to jednak, że odsetki za zwłokę zawsze należą się za cały okres od pierwotnego terminu płatności podatku do dnia jego zapłaty. W określonych sytuacjach ich naliczanie zostaje wyłączone, zwłaszcza wtedy, gdy długość postępowania przekracza terminy przewidziane przepisami Ordynacji podatkowej.

W praktyce możliwa jest więc sytuacja, w której podatnik nie uzyska korzystnego rozstrzygnięcia co do samego zobowiązania podatkowego, lecz nadal będzie mógł kwestionować zasadność naliczenia części odsetek. Innymi słowy, należność główna i odsetki powinny być analizowane odrębnie. To, że organ skutecznie określił zobowiązanie podatkowe, nie oznacza jeszcze automatycznie, że prawidłowo naliczył odsetki za cały okres trwania sprawy.

Znaczenie tej kwestii ujawnia się szczególnie wtedy, gdy spór co do samego podatku został już zakończony niekorzystnie dla podatnika, a dalsze kwestionowanie zobowiązania nie jest już możliwe albo nie ma realnych perspektyw. Także w takiej sytuacji warto odrębnie sprawdzić, czy organ prawidłowo naliczył odsetki. Niekorzystne rozstrzygnięcie co do podatku nie przesądza bowiem automatycznie, że odsetki zostały naliczone za prawidłowy okres i w prawidłowej wysokości. W wielu sprawach bardziej racjonalnym kierunkiem działania może okazać się nie dalszy spór o samo zobowiązanie, lecz weryfikacja tej części wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę.

Kiedy organ nie powinien naliczać odsetek?

W przypadku postępowania prowadzonego przez organ I instancji istotny jest termin 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania podatkowego. Jeżeli w tym terminie decyzja nie zostanie doręczona podatnikowi, odsetek za zwłokę co do zasady nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania do dnia doręczenia decyzji.

Na etapie postępowania odwoławczego znaczenie może mieć zarówno czas przekazania sprawy przez organ pierwszej instancji, jak i czas jej rozpoznania przez organ odwoławczy. Co do zasady organ drugiej instancji powinien załatwić sprawę w terminie 2 miesięcy od dnia otrzymania odwołania. Po przekroczeniu tego terminu odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia następującego po jego upływie do dnia doręczenia decyzji. Wyjątkowo, jeżeli w sprawie przeprowadzana jest rozprawa, termin ten może wynosić 3 miesiące.

Szczególnej uwagi wymagają sprawy wieloletnie, zwłaszcza te, w których decyzja została uchylona,
a sprawa wróciła do ponownego rozpatrzenia. W takich sytuacjach okresy trwania postępowania na poszczególnych etapach mogą się sumować, co może istotnie wpływać na wysokość należnych odsetek. Im dłuższa i bardziej wieloetapowa była sprawa, tym większe znaczenie ma prawidłowe ustalenie okresów, za które odsetki w ogóle mogły zostać naliczone.

Jeżeli organ chce naliczyć odsetki mimo przekroczenia ustawowego terminu, powinien wykazać,
że opóźnienie wynikało z zachowania podatnika albo z okoliczności niezależnych od organu. Nie wystarczy więc samo stwierdzenie, że sprawa była skomplikowana, wymagała dodatkowych czynności albo że podatnik korzystał ze swoich praw w toku postępowania. Konieczne jest ustalenie,
co rzeczywiście spowodowało opóźnienie i czy pozostawało ono w związku z działaniem podatnika.

Ciężar wykazania przyczyn opóźnienia spoczywa na organie

W orzecznictwie sądów administracyjnych podkreśla się, że samo korzystanie przez podatnika z przysługujących mu praw, takich jak składanie wyjaśnień, przedstawianie dokumentów czy zgłaszanie wniosków dowodowych, nie wystarcza do uznania, że to podatnik odpowiada za opóźnienie w zakończeniu sprawy. Organ powinien wykazać, jakie konkretne działanie albo zaniechanie strony rzeczywiście wpłynęło na termin wydania decyzji. Nie wystarczy więc ogólne stwierdzenie, że podatnik był aktywny w toku postępowania, składał pisma albo odpowiadał na wezwania.

W wyroku z 15 grudnia 2021 r., III FSK 217/21, Naczelny Sąd Administracyjny zwrócił uwagę, że mechanizm nienaliczania odsetek ma chronić podatnika przed negatywnymi skutkami przewlekłego prowadzenia sprawy przez organ. Jednocześnie sąd zaznaczył, że jeżeli organ chce mimo to obciążyć podatnika odsetkami za cały okres postępowania, powinien wskazać rzeczywistą przyczynę opóźnienia. Taka ocena nie może być oderwana od przebiegu sprawy. Znaczenie ma nie tylko to, czy sprawa była złożona, ale również to, jakie dowody były potrzebne, kiedy organ podejmował kolejne czynności, czy były one celowe oraz czy postępowanie było prowadzone z należytą koncentracją.

Jeszcze mocniej ten wymóg wybrzmiewa w wyroku WSA w Poznaniu z 3 listopada 2020 r., I SA/Po 500/20. Sąd zakwestionował stanowisko organu, który powoływał się ogólnie na skomplikowany charakter sprawy, konieczność zebrania obszernego materiału dowodowego i aktywność podatnika w toku postępowania. WSA wskazał, że takie uzasadnienie jest niewystarczające, jeżeli nie pokazuje konkretnie, jakie czynności były konieczne, kiedy zostały podjęte, ile czasu upłynęło między nimi i kto rzeczywiście przyczynił się do przedłużenia sprawy. Samo hasło „skomplikowana sprawa” nie zwalnia organu z obowiązku wykazania, że postępowanie było prowadzone sprawnie.

W tym samym wyroku sąd odniósł się również do aktywności podatnika w toku postępowania. Podkreślił, że składanie wniosków, zastrzeżeń czy wyjaśnień nie może automatycznie obciążać strony, jeżeli mieści się w granicach normalnego korzystania z uprawnień procesowych. Inaczej mogłoby być dopiero wtedy, gdyby organ wykazał, że działania podatnika nie służyły wyjaśnieniu sprawy, lecz w rzeczywistości zmierzały do jej przedłużenia.

Podobny wniosek wynika z wyroku WSA w Warszawie z 29 kwietnia 2022 r., III SA/Wa 654/18. Sąd wskazał, że nawet złożona sprawa, wymagająca przeprowadzenia wielu dowodów, nie może być prowadzona przez organ w dowolnie długim czasie. Czynności organu powinny pozostawać relewantne dla wyjaśnienia sprawy, być odpowiednio zaplanowane i podejmowane w takim tempie, aby sprawa mogła zostać zakończona możliwie sprawnie. Jeżeli długotrwałość postępowania wynika z braku właściwej organizacji pracy organu, nie powinna obciążać podatnika w postaci dodatkowych odsetek.

Wniosek o stwierdzenie nadpłaty

Jeżeli organ naliczył odsetki za cały okres postępowania, mimo że nie wykazał, iż opóźnienie wynikało
z zachowania podatnika albo z okoliczności niezależnych od organu, podatnik może domagać się zwrotu tej części wpłaty, która została zaliczona na poczet nienależnych odsetek. Nie chodzi więc wyłącznie
o polemikę z rozliczeniem dokonanym przez organ, lecz o możliwość odzyskania konkretnej kwoty
w trybie nadpłatowym.

Podstawę takiego działania stanowi art. 72 § 2 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Zgodnie z tym przepisem na równi z nadpłatą traktuje się część wpłaty zaliczoną na poczet odsetek za zwłokę, jeżeli wpłata dotyczyła zaległości podatkowej. Ten kierunek działania ma szczególne znaczenie po zakończeniu sprawy podatkowej, gdy znany jest już sposób rozliczenia wpłaty, a więc wiadomo, jaka jej część została zaliczona na podatek, a jaka na odsetki.

Jeżeli chodzi o termin złożenia wniosku, kluczowe znaczenie ma przedawnienie zobowiązania podatkowego. Prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o jej zwrot wygasa bowiem po upływie terminu przedawnienia zobowiązania, którego dotyczy nadpłata. Co do zasady termin ten wynosi 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku, z uwzględnieniem zdarzeń, które mogły zawiesić albo przerwać jego bieg.

W sprawach, w których decyzja została zaskarżona do sądu administracyjnego, szczególne znaczenie ma wniesienie skargi na decyzję dotyczącą danego zobowiązania. Taka skarga zawiesza bieg terminu przedawnienia, a zawieszenie trwa do dnia doręczenia organowi podatkowemu odpisu orzeczenia sądu administracyjnego ze stwierdzeniem jego prawomocności. W praktyce oznacza to, że nawet po kilkuletnim sporze podatnik może nadal mieć otwartą drogę do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty odsetek, jeżeli termin przedawnienia nie upłynął po uwzględnieniu okresów zawieszenia.

Podsumowanie

Niekorzystne zakończenie sporu o podatek nie oznacza jeszcze, że podatnik musi zaakceptować całość obciążenia wynikającego z decyzji. Nawet wtedy, gdy samo zobowiązanie podatkowe okazało się należne, odrębnej oceny wymaga sposób naliczenia odsetek za zwłokę.

Jeżeli postępowanie trwało dłużej, niż przewidują to przepisy, a organ nie wykazał, że opóźnienie wynikało z zachowania podatnika albo z okoliczności niezależnych od organu, część odsetek może okazać się nienależna, mimo że sama zaległość podatkowa została określona prawidłowo.

W praktyce oznacza to, że po zakończeniu sprawy warto sprawdzić nie tylko wynik sporu o podatek, lecz także sposób rozliczenia odsetek, zwłaszcza w postępowaniach prowadzonych przez wiele miesięcy albo lat, w których nawet częściowe wyłączenie odsetek może istotnie zmniejszyć ciężar poniesiony przez podatnika.

Jeżeli część wpłaty została zaliczona na poczet odsetek, które nie powinny były zostać naliczone, podatnik może dochodzić ich zwrotu w trybie nadpłatowym. Nawet po przegranym sporze co do samego podatku może więc nadal istnieć realna możliwość odzyskania tej części wpłaty, która została zaliczona na nienależnie naliczone odsetki za zwłokę.

Wróć do strefy wiedzy